Pesquisadores de oncologia: você está aproveitando ao máximo seus dados de PCR digital?

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O câncer pode aparentemente mudar num piscar de olhos, tornando a detecção e o monitoramento incrivelmente sensíveis ao tempo. Para testes rápidos, sensíveis e precisos de DNA tumoral, os pesquisadores do câncer confiam cada vez mais na PCR digital (dPCR). No entanto, ao fazer essas medições, há pouco espaço para erros. Aqui discutiremos como são bons dados de dPCR, como equipamentos de baixa qualidade podem prejudicar a qualidade dos dados e o que os pesquisadores de oncologia podem fazer para obter dados de dPCR de alta qualidade que fornecerão informações precisas e eficientes sobre a carga tumoral.

Para muitos tipos de câncer, quanto mais cedo o tratamento começar, maior será a janela de tratamento e maior será a probabilidade de o paciente sobreviver. No entanto, com base na composição genética do tumor, alguns tratamentos podem ser mais eficazes que outros. O sequenciamento de próxima geração pode acelerar a seleção do tratamento apropriado, identificando biomarcadores moleculares no tumor que causa a doença ou tornando-o resistente aos medicamentos.

Posteriormente, muitos pesquisadores estão explorando o uso de uma técnica não invasiva chamada biópsia líquida para rastrear esses biomarcadores. Esta técnica avalia o DNA tumoral circulante (ctDNA) para medir biomarcadores no sangue e outros fluidos corporais. Os dados da biópsia líquida podem fornecer informações sobre a carga tumoral, indicar o prognóstico e orientar as decisões de tratamento sobre quando administrar uma terapia escolhida e por quanto tempo. Esses insights têm um potencial significativo para permitir um tratamento do câncer mais eficaz e personalizado no futuro.

O ctDNA ocorre em níveis minúsculos em amostras de biópsia líquida, por isso é fundamental usar tecnologia altamente sensível, como dPCR, para garantir resultados precisos. No entanto, ao comparar os numerosos sistemas dPCR disponíveis, diferentes designs de instrumentos produzem dados de precisão, exatidão e sensibilidade variadas. Dados inconsistentes prejudicam os sucessos esmagadores observados na pesquisa de biomarcadores como um todo. Em última análise, para que a biópsia líquida passe para o uso clínico padrão, os pesquisadores de oncologia precisam de ferramentas e reagentes nos quais se possa confiar para produzir dados de biomarcadores da mais alta qualidade possível.

Todas as abordagens dPCR são projetadas para obter testes de ácidos nucleicos extremamente precisos e precisos, fornecendo quantificação absoluta das espécies-alvo. Um ensaio dPCR envolve a partição de uma amostra em milhares de unidades separadas, cada uma contendo uma ou algumas cadeias de DNA. Isso pode ser feito em um microarray, em um chip microfluídico, em placas microfluídicas semelhantes a PCR quantitativo ou, no caso de Droplet Digital PCR (ddPCR), em uma emulsão óleo-água. Em seguida, ocorre uma reação de PCR em cada partição e sondas fluorescentes amplificam o ácido nucleico alvo. No final da reação, as partições são avaliadas quanto à fluorescência positiva ou negativa. Os pesquisadores usam estatísticas de Poisson para determinar a concentração do ácido nucleico alvo na amostra original.

Em contraste com a PCR quantitativa (qPCR), os ensaios dPCR não exigem que os investigadores executem as suas amostras ao longo de uma curva padrão para interpretar os resultados, reduzindo a possibilidade de erro humano. Também torna possível a alta sensibilidade e o alto limite de detecção dos ensaios dPCR, tornando-os capazes de avaliar amostras contendo menos de um por cento de uma espécie-alvo – o que é frequentemente o caso de amostras de biópsia líquida.

Tal como acontece com qualquer tecnologia, o tipo de instrumento, a qualidade dos reagentes e a habilidade do usuário afetam a confiabilidade de uma biópsia líquida avaliada com dPCR. Como certos elementos dos instrumentos e ensaios dPCR variam, nem todos os instrumentos produzirão dados da mesma qualidade. Embora seja preferível escolher um sistema que produza resultados a baixo custo, com um fluxo de trabalho simples e baixo tempo entre a amostra e os resultados, os investigadores também devem priorizar a qualidade dos testes de ctDNA para selecionar um instrumento que irá adicionar informações reais à sua investigação.