Os esfregaços de teste de antígeno são comparáveis ​​aos esfregaços nasofaríngeos para sequenciamento da SARS

Scientific Reports volume 13, Artigo número: 11255 (2023) Citar este artigo

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A vigilância genómica viral tem sido parte integrante da resposta global à pandemia SARS-CoV-2. Os esforços de vigilância baseiam-se na disponibilidade de amostras clínicas representativas das atividades de testes em curso. No entanto, as práticas de testagem mudaram recentemente devido à ampla disponibilidade e utilização de testes rápidos de antigénio, o que poderá levar a lacunas nos futuros esforços de monitorização. Como tal, as estratégias de vigilância genómica devem adaptar-se para incluir fluxos de trabalho laboratoriais que sejam robustos ao tipo de amostra. Para esse fim, comparamos os resultados de RT-qPCR e sequenciamento do genoma viral usando amostras de esfregaços positivos do cartão de antígeno BinaxNOW COVID-19 (N = 555) com aqueles obtidos de esfregaços nasofaríngeos (NP) usados ​​para testes de amplificação de ácido nucleico (N = 135). Mostramos que os esfregaços obtidos a partir de cartões de antigénio são comparáveis ​​em desempenho às amostras de esfregaços NP, proporcionando uma alternativa viável e permitindo a expansão potencial da vigilância genómica viral para clínicas ambulatoriais, bem como outros locais onde os testes rápidos de antigénio são frequentemente utilizados.

A doença do coronavírus 2019 (COVID-19) destacou o papel crítico da saúde pública dos testes contínuos e da vigilância genômica viral para rastrear variantes emergentes, compreender a transmissão, vincular a evolução viral às mudanças na epidemiologia da doença, projetar e avaliar ferramentas de diagnóstico e prever a eficácia da vacina em o contexto da diversidade viral1,2. A COVID-19 causada pelo coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) levou a aproximadamente 760 milhões de casos confirmados e 6,9 ​​milhões de mortes relatadas em todo o mundo pela Organização Mundial da Saúde (OMS)3. A evolução do genoma do SARS-CoV-2 ao longo da pandemia levou ao surgimento contínuo de novas variantes com maior transmissibilidade, gravidade da doença e capacidade de escape imunológico4,5,6. Desde que as primeiras sequências do genoma do SARS-CoV-2 foram publicadas em janeiro de 20207, mais de 15 milhões de sequências foram partilhadas através da base de dados da Iniciativa Global sobre Partilha de Todos os Dados da Gripe (GISAID)8, e mais de 7 milhões de sequências de nucleótidos foram depositadas no Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/) até 29 de maio de 2023. O esforço sem precedentes para monitorar a evolução viral do SARS-CoV-2 mudou permanentemente a abordagem para vigilância genômica de patógenos em todo o mundo.

As abordagens de sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2 têm sido mais amplamente aplicadas a amostras de diagnóstico positivas provenientes de testes de amplificação de ácidos nucleicos (NAATs). O padrão ouro e o NAAT mais amplamente utilizado é a reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa em tempo real (RT-PCR). Como ambas as abordagens de sequenciamento viral e RT-PCR amplificam diretamente o material genômico viral, os métodos de coleta, os reagentes e os protocolos a jusante se sobrepõem, tornando-o uma abordagem útil para a vigilância genômica. Esta tem sido uma abordagem eficaz, uma vez que o RT-PCR foi a abordagem mais utilizada no início da pandemia.

O panorama dos testes, no entanto, mudou consideravelmente ao longo da pandemia para testes de diagnóstico rápido (RDT), mais frequentemente testes de fluxo lateral (LFT) baseados em antigénios. Existem agora mais de 400 RDTs de SARS-CoV-2 comercialmente disponíveis em todo o mundo9,10, e vários testes de função hepática baseados em antígenos estão autorizados para testes domiciliares de venda livre por meio de autorização de uso de emergência (EUA) nos EUA11. Os ensaios baseados em antígenos detectam proteínas virais específicas ou o vírus diretamente, sem etapas de amplificação por PCR12. A versatilidade dos LFTs para ampla aplicação em escolas, clínicas e ambientes domésticos aumentou significativamente o seu uso. Além disso, num esforço para aumentar a detecção da COVID-19, os EUA disponibilizaram gratuitamente testes de função hepática por correspondência, distribuindo posteriormente mais de 270 milhões de kits de teste em Março de 202213. A sensibilidade dos testes de função hepática baseados em antigénios é comparativamente inferior à dos NAAT, especialmente em casos de baixa carga viral ou infecção assintomática9,14,15,16,17,18; entretanto, quando utilizado dentro de 5 a 7 dias do início entre indivíduos sintomáticos, o teste pode atingir 99,2% de sensibilidade e 100,0% de especificidade19. Quando comparados aos NAATs, os testes de função hepática apresentam bom desempenho com cargas virais correspondentes a um valor de Ct de RT-qPCR ≤ 33 ciclos20,21,22.